La figura de l’arqueòleg Cristòfol Veny, missioner dels Sagrats Cors, i director jubilat del Museu, vol ser recordada amb un panell que anuncia l’entrada a la sala d’Arqueologia amb les campanyes que ell va dirigir del vaixell del Sec i de les coves prehistòriques de l’entorn de Lluc, especialment, Sa Cometa dels Morts. D’aquesta cova destaca a la sala, la mostra del seu material funerari i la presència d’un dels sarcòfags de fusta que s’hi varen trobar, parella d’un altre que es pot veure al Museu Arqueològic a Madrid.

Les vitrines de la sala d’arqueologia són vuit en total. Les sis primeres estàn dedicades al món pretalaiòtic i talaiòtic de Mallorca. De les altres dues, una reuneix el conjunt de la col·lecció Mulet d’objectes de la cultura púnico-ebusitana, i la col·lecció Furió de peces talaiòtiques, gregues i romanes amb plats, llums d’oli, amforetes, etc. La darrera vitrina conté restes de la vaixella grega de la nau del Sec, amb els claus del seu entaulament.

La persona interessada a les àmfores podrà contemplar les púniques i les romanes procedents de les restes d’un vaixell romà enfonsat a les costes de l’illa de Cabrera. Molt a prop pot veure el carregament de llingots de plom, del mateix vaixell, amb les marques identificatives del propietaris de les mines d’extracció.

Un columbarium recrea l’emplaçament en nínxols de les restes mortals, amb les urnes de pedra per a les cendres, tal i com es feia al món romà a Mallorca.